こちらのプラグインをベースにごそごそしてるのですが、その中で気がついたことが。
階層が3段になったときに
著者(5)
　た行(0)
　　太宰治(3)
　　壇ふみ(2)
ってなりませんか？た行に直接属するアイテムがないと、それをカウントできない気が。

藤崎さん
激亀レス、すみません。。

> ってなりませんか？た行に直接属するアイテムがないと、それをカウントできない気が。

現状では、
深い階層のアイテムを投稿する際に、全ての上位階層サブカテゴリにチェックを入れてもらわないと、カウントされないです。
どこにも書いてませんでした、、すみません。

、、、NP_MultipleCategoriesHelperを早く使ってみたい。。

激激亀レスですみません…。

>深い階層のアイテムを投稿する際に、全ての上位階層サブカテゴリにチェックを入れてもらわないと、カウントされないです。

MultipleCategoriesの方で、サブカテゴリにチェックが入った時点で親カテゴリにチェックが入ればいいんですよね。
入ってるもんだと思ったんですが、ちがうのか…

孫サブカテゴリだけチェックした場合、Nucleus標準Categoryにだけチェックが補完されます。
上の例だと、、
壇ふみにチェックすると、「著者Category」にだけはチェックが自動的に入ります（投稿後）が、「た行Subcategory」にはチェックが入りません。
自動的に上位SubCategoryにもチェックが入るように、MultipleCategoriesを改良するしかないかもしれません。。

>孫サブカテゴリだけチェックした場合、Nucleus標準Categoryにだけチェックが補完されます。

あー、なるほど…。親サブカテゴリまではチェックされないんですね…。
MultipleCategories改良か…。既存のものはあきらめるしかないですが